พื้นที่ของอำเภอยะหาแยกมาจากอำเภอเมืองยะลาในปี พ.ศ. 2481 สมัยหลวงรัชกาลประดิษฐ์ (แปะ) เป็นเจ้าเมืองยะลา และหมื่นเสนานุรักษ์ (ประดิษฐ์ สุภอักษร) ปลัดเมืองยะลาในขณะนั้น ได้เลือกตำบล ยะหา เป็นที่ตั้งว่าการอำเภอยะหา โดยแบ่งเนื้อที่ออกเป็น 11 ตำบล ได้แก่ ตำบลยะหา ตำบลตาชี ตำบลบาโงยซิแน ตำบลสะเอะ ตำบลบาโร๊ะ ตำบลปะแต ตำบลซีเยาะ ตำบลบาโงย ตำบลชะเมาะ และตำบลลาบู

          พ.ศ. 2443 หลวงภักดีรณฤทธิ์ นายอำเภอยะหาขณะนั้น ได้ปรับปรุงเขตการปกครองใหม่ โดยยุบบางตำบลรวมกันอีกตำบลเข้าด้วยกัน คือ ยุบตำบลซีเยาะรวมกับตำบลบาโงยซิแน และยุบตำบลชะเมาะรวมกับตำบลละแอ และจากประวัติของตำบลปะแตเชื่อว่าพื้นที่ตำบลปะแต เป็นที่เนินสูง แต่เดิมมีต้นสะตอต้นหนึ่งชาวบ้านจึงเรียกสถานที่แห่งนี้ว่า "บ้านบือแต" แปลว่า "บ้านต้นสะตอ" ต่อมาเมื่อพื้นที่แถบนี้เจริญขึ้น จึงได้มีชาวบ้านจากจังหวัดปัตตานี เข้ามาทำกินในหมู่บ้านแห่งนี้และเปลี่ยนชื่อเรียกพื้นที่แห่งนี้จาก "บือแต" เป็น "ปะแต" ซึ่งแปลว่า หาด ต่อมาชาวบ้านเห็นว่าคำว่าปะแต มีความหมายที่ดีและเป็นคำที่ไพเราะกว่า จึงเปลี่ยนชื่อเรียกมาเป็น"ปะแต"จนถึงทุกวันนี้

          เทศบาลตำบลปะแต เดิมในปี 2536 ได้รับจัดตั้งเป็นสภาตำบลปะแต  เมื่อวันที่ 2 กันยายน พ.ศ. 2539 ได้รับการจัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบลปะแต  ที่ทำการตั้งอยู่ หมู่ที่6 ตำบลปะแต อำเภอยะหา จังหวัดยะลา ยกฐานะเป็นเทศบาลตำบลปะแตขึ้นเมื่อวันที่ 31  สิงหาคม พ.ศ. 2555 เทศบาลตำบลปะแต ตำบลปะแต อำเภอยะหา จังหวัดยะลา ตั้งอยู่ระหว่างทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 4070 ระหว่างกิโลเมตร 0-8 อยู่ห่างจากอำเภอยะหา 8 กิโลเมตร